Han transcurrido sesenta y ocho años desde la fundación de la Facultad de Ciencias Químicas e Ingeniería de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos.

La Escuela de Ciencias Químicas, tuvo su origen como una inquietud del Prof. Antonio L. Mora del Castillo y varios catedráticos, como una respuesta a las necesidades en el campo industrial y ofreciendo además a jóvenes cursar una carrera profesional, primera a nivel Licenciatura en el Estado de Morelos.

La oferta educativa inició en 1952 con la Licenciatura de Químico Industrial, en 1963 se fundó la licenciatura en Ingeniería Industrial y posteriormente fue creada la licenciatura en Ingeniería Química en 1970. Años más tarde, en 1978 bajo el apoyo decidido de la Secretaría de Educación Pública y la colaboración del entonces Instituto de Investigaciones Eléctricas (ahora Instituto Nacional de Energías Limpias, INEEL), fueron creadas las carreras de Ingeniería Mecánica e Ingeniería Eléctrica, con el fin de dar respuesta al mercado ocupacional de la región.

En el año de 1977 en el XXV aniversario de la fundación de la entonces Escuela de Ciencias Químicas, se crea el primer programa de posgrado con la Maestría en Química Orgánica, por lo que se constituye la Facultad de Ciencias Químicas e Industriales.

Posteriormente con el desarrollo de los posgrados en Ingeniería Industrial e Ingeniería Química como respuesta a los deseos de superación académica de sus egresados, en 1994 la Facultad cambia su nombre a Facultad de Ciencias Químicas e Ingeniería.

La Facultad de Ciencias Químicas e Ingeniería se ha transformado en una institución comprometida con el entorno en constante transformación, y en atender a la gran diversidad de grupos y sectores que constituyen la sociedad, y que demandan, procesos de formación a lo largo de la vida, diversificación de los espacios educativos y la producción de conocimiento socialmente pertinente.